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Enrolled
Bioinformatica

Docente: Bonizzoni

Crediti: 4 cfu 

OBIETTIVI FORMATIVI:

Il corso si propone di introdurre lo studente ad un recente settore di applicazione dell'Informatica noto come Bioinformatica: questa nuova disciplina è nata dalla crescente necessità nell'ambito della Biologia Molecolare di sviluppare adeguati strumenti computazionali per la soluzione di molteplici problemi, principalmente derivanti dall'analisi di sequenze biologiche (DNA, RNA).

 

L'obiettivo principale del corso è quello di fornire allo studente le conoscenze algoritmiche per poter affrontare la soluzione e lo studio di problemi classici di analisi e confronto di sequenze biologiche e di alberi evoluzionari.  

 

ABILITA’ SPECIFICHE:

saper progettare   la soluzione algoritmica di problemi di analisi di sequenze biologiche o di confronto e ricostruzione di alberi filogenetici

saper  modellare la soluzione di problemi biologici su sequenze genomiche mediante la formulazione di problemi combinatori

saper utilizzare le banche dati genomiche per estrarre le informazioni di interesse sul genoma umano

CONTENUTI:

Introduzione alla biologia computazionale: motivazioni e metodologie.

  1. L'importanza del confronto ed analisi di sequenze biologiche. Tecniche di allineamento multiplo di    sequenze (allineamento globale e  locale). Algoritmi per  l’allineamento di sequenze nella predizione della struttura di un gene (splicing alternativo). 
  2. La ricerca di motivi in sequenze biologiche.  Il problema generale del matching esatto. Gli alberi suffisso e la loro applicazione nella ricerca di ripetizioni nelle sequenze biologiche.
  3. Lo studio delle variazioni (mutazioni) geniche nella popolazione. Alberi evoluzionari. Ricostruzione della storia evolutiva di specie con alberi evoluzionari: metodi principali.  L'aplotipizzazione di individui: metodi combinatori basati sul modello coalescente e il criterio di massima parsimonia.
  4. Internet e il Progetto Genoma Umano. Le banche dati e il software per l’analisi del genoma.

    

Further readings
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